Najczęściej podważa się sposób dokonania wyceny przez biegłego w sporządzonym operacie szacunkowym. Tak też stało się w sprawie prowadzonej w Wojewódzkim Sądzie Administracyjnym (WSA) w Gdańsku, który odniósł się m.in. do obowiązku wykazywania w operacie szacunkowym podobieństwa nieruchomości. Skarżąca gmina nie zgodziła się z wyceną działki objętej wywłaszczeniem i zaskarżyła decyzję Wojewody w przedmiocie odszkodowania za nieruchomość przejętą pod budowę drogi. Głównym zarzutem wobec operatu szacunkowego sporządzonego przez rzeczoznawcę był sposób przyjęcia wyceny. W tej sprawie zastosowano porównawczą wycenę, która opiera się na analizie cen nieruchomości podobnych do tej, którą obejmuje operat szacunkowy.

Jak stanowi art. 4 pkt 16 ustawy o gospodarce nieruchomościami, zawierający definicję „nieruchomości podobnej”, jest to nieruchomość porównywalna z działką stanowiącą przedmiot wyceny, ze względu na położenie, stan prawny, przeznaczenie, sposób korzystania oraz inne cechy wpływające na jej wartość. Rzeczoznawca musi zatem wziąć pod uwagę różne okoliczności i cechy badanej działki, a następnie dokładnie i szczegółowo je przeanalizować oraz opisać tak, aby wycena i założenie, że nieruchomości są podobne, nie budziły wątpliwości.

Zatem jak wskazał sąd, przy wycenie nieruchomości dla potrzeb ustalenia odszkodowania w sytuacji wywłaszczenia, bądź przejęcia z mocy prawa, biegły, w swojej wycenie uwzględnia cel wyceny, rodzaj i położenie nieruchomości, jej przeznaczenie, stan oraz dostępne dane o cenach, dochodach i cechach podobnych nieruchomości. Co ważne, jeśli chodzi o przeznaczenie terenu wywłaszczanego, może decydować to, jakie przeznaczenie nieruchomość miała wcześniej, jak i to jakie dopiero będzie mieć po wywłaszczeniu.

Uwzględnia się przy tym wynikającą z przepisów u.g.n. tzw. zasadę korzyści, dzięki której przy ustalaniu wysokości odszkodowania nie można pomijać potencjalnego zwiększenia wartości gruntu w sytuacji przeznaczenia go na cel publiczny. Przy wycenie rzeczoznawca ma dwie opcje do przyjęcia: określa wartość rynkową nieruchomości na podstawie aktualnego sposobu użytkowania, w sytuacji gdy po wywłaszczeniu wartość nieruchomości nie zwiększy się; lub na podstawie nowego sposobu użytkowania po wywłaszczeniu, gdy spowoduje to wzrost wartości ziemi.

W operacie szacunkowym z danego stanu faktycznego, WSA wskazał wiele wad, m.in. zwracając uwagę na zbyt mało szczegółowy opis cech podobnych nieruchomości co mogło wpłynąć na niedokładność wyceny. Przy tworzeniu operatu szacunkowego należy wziąć pod uwagę cechy wszystkich nieruchomości przyjętych do zbioru, na podstawie którego dokonuje się wyceny. Sąd uznał, że wycena sporządzona przez biegłego, wskutek wielu błędów w procedurze sporządzania, jest pozbawiona pełnej mocy dowodowe. Ponadto zostały naruszone przepisy postępowania, które mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W związku z tym decyzje organów zostały uchylone, a sprawę przekazano do ponownego rozpoznania.