W 2017 r., po zauważeniu szeregu nieprawidłowości w czasie wykonywanych prac, uchylono powyższe zezwolenia. Jak ustalono, wszelkie prace budowlane zostały już wykonane, nie wydano jak dotąd jedynie pozwolenia na użytkowanie. Organ odwoławczy uznał, że skoro nie zezwolono na użytkowanie budynku, to proces budowlany nie został jeszcze zakończony i pozwolenie na budowę można cofnąć.

Sprawą ostatecznie zajął się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, który nie zgodził się jednak z powyższym rozumowaniem. W orzeczeniu wskazano m. in., że pozwolenie na budowę, może być udzielone jedynie przed rozpoczęciem, a nie po zakończeniu robót budowlanych. Argumentując wyrok, WSA zauważył, że w doktrynie i orzecznictwie sądowym utrwalone jest stanowisko, że postępowanie w sprawie wydania pozwolenia budowlanego staje się bezprzedmiotowe w przypadku gdy roboty budowlane zostały już wykonane i inwestycja zrealizowana albo rozpoczęto roboty budowlane. Przepisy ustawy Prawo budowlane definiują pozwolenie na budowę jako decyzję administracyjną zezwalającą na rozpoczęcie i prowadzenie budowy lub wykonywanie robót budowlanych. Instytucja pozwolenia na budowę nie służy zatem legalizacji robót budowlanych, dla których w czasie ich realizacji inwestor dysponował ostatecznym pozwoleniem na budowę. Zatwierdzenie projektu budowlanego i udzielenie pozwolenia na budowę może zatem nastąpić tylko przed rozpoczęciem robót budowlanych.

W tej sytuacji legalność zrealizowanej inwestycji badać mają właściwe organy nadzoru budowlanego, a nie prezydent miasta wydający decyzję, czy wojewoda, będący organem odwoławczym. To właśnie w postępowaniu legalizacyjnym weryfikowana będzie zgodność inwestycji z postanowieniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego i przepisami techniczno-budowlanymi.