Na wstępie zaznaczę, że kwestia meldunku nie ma żadnego przełożenia na prawo do lokalu, gdyż jest to jedynie spełnienie obowiązku meldunkowego.

Jeśli chodzi o wypowiedzenie umowy najmu, to gmina rzeczywiście miała takie prawo na mocy art 11 ustawy:
Art. 11. 1. Jeżeli lokator jest uprawniony do odpłatnego używania lokalu, wypowiedzenie przez właściciela stosunku prawnego może nastąpić tylko z przyczyn określonych w ust. 2-5 oraz w art. 21 ust. 4 i 5 niniejszej ustawy. Wypowiedzenie powinno być pod rygorem nieważności dokonane na piśmie oraz określać przyczynę wypowiedzenia.
2. Nie później niż na miesiąc naprzód, na koniec miesiąca kalendarzowego, właściciel może wypowiedzieć stosunek prawny, jeżeli lokator:
1) pomimo pisemnego upomnienia nadal używa lokalu w sposób sprzeczny z umową lub niezgodnie z jego przeznaczeniem lub zaniedbuje obowiązki, dopuszczając do powstania szkód, lub niszczy urządzenia przeznaczone do wspólnego korzystania przez mieszkańców albo wykracza w sposób rażący lub uporczywy przeciwko porządkowi domowemu, czyniąc uciążliwym korzystanie z innych lokali, lub
2) jest w zwłoce z zapłatą czynszu lub innych opłat za używanie lokalu co najmniej za trzy pełne okresy płatności pomimo uprzedzenia go na piśmie o zamiarze wypowiedzenia stosunku prawnego i wyznaczenia dodatkowego, miesięcznego terminu do zapłaty zaległych i bieżących należności, lub
3) wynajął, podnajął albo oddał do bezpłatnego używania lokal lub jego część bez wymaganej pisemnej zgody właściciela, lub
4) używa lokalu, który wymaga opróżnienia w związku z koniecznością rozbiórki lub remontu budynku, z zastrzeżeniem art. 10 ust. 4.
3. Właściciel lokalu, w którym czynsz jest niższy niż 3 % wartości odtworzeniowej lokalu w skali roku, może wypowiedzieć stosunek najmu:
1) z zachowaniem sześciomiesięcznego terminu wypowiedzenia, z powodu niezamieszkiwania najemcy przez okres dłuższy niż 12 miesięcy;
2) z zachowaniem miesięcznego terminu wypowiedzenia, na koniec miesiąca kalendarzowego, osobie, której przysługuje tytuł prawny do innego lokalu położonego w tej samej miejscowości, a lokator może używać tego lokalu, jeżeli lokal ten spełnia warunki przewidziane dla lokalu zamiennego.
(....)

Wypowiedzenie, które Pan otrzymał nie jest decyzją administracyjną, więc nie będzie podlegało kognicji sądów administracyjnych, ani nie ma możliwości wnieść od niej odwołania. Takie wypowiedzenie jest oświadczeniem woli zgodnie z przepisami Prawa cywilnego. W związku z powyższym proponuję udać się do odpowiedniego wydziału mieszkaniowego w urzędzie, bądź napisać z prośbą o ponowne rozpatrzenie wypowiedzenia i cofnięcia go. W takim wypadku musi Pan wykazać, że korzystał Pan z lokalu, a przesłanka niezamieszkania nie występuje.

Jeśli gmina nie będzie chciała cofnąć swego wypowiedzenia, można sprawę wnieść do sądu powszechnego i tam wykazywać swoją rację.